1.软化处理指标低。在自来水处理中，超滤膜技术的应用提高了纯水的生产成本，因此在选择水处理工艺时，首先要深入了解现场环境，结合取水的具体特点，合理选择净水工艺。如果要净化的水有较高的无机盐含量或硬度要求，就必需选择双膜技术；如果要处理的水体水质好，处理工艺方便，则可采用超滤技术，以降低水污染和纯水生产的成本。但是，在一般情况下，有些厂家选择超滤技术，提高了水处理工艺和成本，使处理技术不适用于经济落后地区。
2.能源消耗很大。在水处理工作中，设备的动力是超滤膜技术应用的基础。在实际工作中，外力援助是必不可少的，但这一过程也会产生一定的能耗，增加水处理的成本。因此，在应用超滤设备时，应仔细检查能耗，尽量选择能耗较小的设备，尽可能提高能耗。
3.污染。在环保工程的水处理中，超滤膜技术的应用会产生一定的污染问题，从而降低超滤膜的过滤能力，增加能耗，从而增加水处理的成本。然而，目前水厂一般每隔5个月对超滤膜进行净化，净化过程繁琐。一旦操作不规范，就会加剧水污染问题，因此加强超滤膜的保护显得尤为重要。
